Vagrant(1.2.2)のsynced_folderを使用していて,ローカルでCSSやJSを更新しても,更新が反映されない,またはJSファイルがおかしくなってしまうときがありました.

これは,Webサーバのsendfileの設定をoffにすることで対処できるようです.
Vagrantの古いバージョンのドキュメント
http://docs-v1.vagrantup.com/v1/docs/config/vm/share_folder.html
に書かれていたので気づきませんでした.
「破損,または更新されていないファイルになってしまう”sendfile”に関するVirtual Boxのバグが存在する.」そうです.

nginxでは

apacheでは

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