<%- partial('header') %>
<%- partial('footer') %>
としたかったのですが、partial is not definedと言われ、探しまわって、stackoverflowで発見したのでメモもかねて
それによると、バージョン3.Xではpartialは削除されたようで、
その代わりにincludeが提供されているそうです
<% include header %>
とすればできます。あっさり！
↓ 当然書いてました
https://github.com/visionmedia/ejs#includes
このへんは、バージョンアップが激しい＆情報が少ない＆英語なのでちゃんと調べないといけないですね